2009年甲型H1N1流感在全球爆发，面对影响首都社会安全和政治稳定的新发、突发重大传染病，在国家及地方政府支持和指导下，北京地坛医院提前做好预案，确定了中医药“早期”、“全程”参与，“科学规划”与“中西医并重”的总体方针。（1）组建了中西医人员共同工作的甲流应急中心：中医专业派驻有临床及科研经验的三级临床人员，中医副主任医师担任病区主要行政领导，保障中医药第一时间介入甲流防控，确保中医临床治疗与科研同步进行。（2）建立了北京甲流专家会诊平台，通过现场、视频会议等形式，对早期病例及特殊病例进行会诊，将专家意见及共识，转化为临床方案，逐步提高临床辨证治疗水平。（3）重视信息传播与知识转化。通过临床及科研团队配合，不断发现并解决甲流的焦点及难点；及时将科研产出分类转化为政策依据、公众防控信息及临床应用成果。为北京乃至全国甲流防控和决策提供了科学支撑，促成临床研究成果转化为中药产品，带动了中医温病学术传承与进步，产生了良好的经济效益和社会效益。 
    自2009年5月12日确诊第1例甲流患者开始，中医人员开始在流感病区第一线搜集和记录中医证候，通过个案研究、小样本分析，提出甲型H1N1流感属风热疫毒为患，仍属于中医时行感冒范畴，总结了甲型H1N1流感的中医药核心病机及治疗方案，给国家和北京市中医局中医专家组制定、调整、优化治疗方案提供了临床依据。
    通过会诊、开会、发表学术文章、开新闻发布会等多种信息渠道传播中医药成果。在核心期刊发表学术论文13篇，参与撰写SCI论文2篇。至2009年8月，北京地坛医院所做设计326例患者的临床队列研究，是国内设计最严谨，数据最全，观察最为细致的临床研究。其结论通过多家媒体、国际会议以及论文《326例甲型H1N1流感的队列病例临床征候演变规律与治疗观察》进行宣传，提出了甲流轻症可不用奥司他韦的重要观点。2009年底更有对500余例的临床症状及其演变规律的分析总结。参加了两项国家级中医药甲流治疗研究，以高级别证据证实轻症甲型H1N1流感的中医药疗效与奥司他韦疗效无显著差异，这些临床研究成果为卫生部（国家中医药管理局）甲型H1N1流感三版诊疗方案的修订提供了有力支撑。打破了“奥司他韦”迷信，缓解了民众焦虑。
    2009年10月以后，国家将甲型H1N1流感防控工作重点调整为对重症救治，降低病死率。北京地坛医院防治甲流团队又从典型病例个案研究、队列研究入手，在2009年11月在重症、危重症早期预警方案基础上，提出中医药早期、全程治疗减少危重症的发生以及重症、危重症及甲流高危人群的中医药诊治方案，该方案已在北京地区及全国推广，2010年在国家中医局的行业建设专项里以课题形式进行临床研究。
    北京地坛医院在应对甲流期间的实践证明，中医药在应对突发、新发传染病领域大有可为。政府支持、机制创新、多学科联合、临床科研一体化、信息传播与知识转化，是地坛医院成功应对甲流疫情的重要经验总结。中医高层次临床团队的全程介入是甲流科研及临床工作的核心措施。甲流的工作模式，为中医药应对新发、突发重大传染病提供了一个好的范例，实现了临床疗效、科研成果、社会效益的全面进步。